Die Fähre von Thira nach Koufonissi verbindet in Griechenland die beiden Kykladen-Inseln Thira und Koufonissi miteinander. Die Route zwischen den beiden Kykladen-Inseln wird einmal am Tag von der Reederei SeaJets angeboten. Die Reisedauer beträgt etwa 1 Stunde 50 Minuten.